L’inventaire des espèces phytoplanctoniques toxiques et non toxiques entre octobre 2003 et septembre 2004, au niveau des sites de Mehdia et de Moulay Bousselham, nous a permis de constater la dominance des diatomées et des dinoflagellés. Dans les deux sites, durant l’hiver et le printemps, alors que les concentrations d’oxygène et de nitrates sont basses, les diatomées prédominent, que ce soient les espèces non toxiques (Chaetoceros, Coscinodiscus, Bacteriastrum et Rhizosolenia) ou toxiques comme Pseudo-nitzschia. Cependant, en été et en automne, alors que le milieu est très oxygéné et suffisamment enrichi en nitrates, les dinoflagellés non toxiques (Ceratium, Scriptiella et Prorocentrum) ou toxiques comme Phalacroma et Dinophysis abondent. Cette succession de ces deux groupes dans le temps pourrait s’expliquer par les variations saisonnières des conditions physicochimiques d’une part, et par les apports des eaux douces d’autre part. Toutefois, indépendamment de ces variations physico-chimiques, certaines espèces non toxiques (Odontella, Biddulphia, Thalassionema, Navicula, Nitschia et Protoperidinium) ou toxiques (Gymnodinium) sont observées en faible quantité tout au long de l’année. Le développement de ces espèces qu’elles soient potentiellement toxiques ou non pourrait être associé à la présence concomitante de plusieurs facteurs écologiques favorables qui caractérisent Mehdia et Moulay Bousselham.