La plupart des eaux de puits utilisées dans les ménages de la commune de Pobè sont de qualité douteuse. La présente recherche analyse les processus de contamination de ces eaux et détermine leurs influences sur la santé humaine. La recherche documentaire, les enquêtes de terrain réalisées dans 378 ménages (2% des ménages choisis selon les quartiers très insalubres et moyennement insalubres), complétées par des personnes ressources qui ont été entretenues compte de leur responsabilité dans le secteur de l’assainissement. De plus, des échantillons d’eau ont été prélevés et les analyses physico-chimiques et bactériologiques ont été réalisées au laboratoire de la DG-Eau. Les données collectées, traitées et analysées ont montré que ces échantillons ont pour la plupart une concentration en nitrate variant entre 2,97 et 186,8 mg/Let plus de 87 % des eaux des puits échantillonnés ont des teneurs en nitrate supérieure à la norme du Bénin qui est de 45 mg/L ; pour l’ammonium, sa concentration se situe entre 0,009 et 1,08 mg/L et 37,5 % des puits sont au-delà de la norme 0,5 mg/L. Sur le plan bactériologique, tous les échantillons sont plus contaminés par les germes coliformes totaux, fécaux et des streptocoques fécaux. Ces concentrations dont la plupart sont hors normes, sont à l’origine de la dégradation de la qualité des eaux de puits en utilisation dans la commune de Pobè. Ce fait qui relève du mauvais assainissement dans la commune a des impacts sur la santé humaine. Il serait opportun que des politiques et stratégies concertées soient développées pour la bonne hygiène et un meilleur assainissement dans la commune.