Les macroinvertébrés sont considérés comme un outil biologique de suivi de la qualité des cours d’eau. L’objectif de l’étude est d’acquérir de meilleures connaissances sur la distribution des macroinvertébrés benthiques dans le delta de l’Ouémé afin d’apprécier le niveau de perturbation du milieu. La méthodologie utilisée a consisté à faire un échantillonnage des macroinvertébrés benthiques pendant les saisons de crue et de décrue. Ainsi, un filet suber a été utilisé pour le prélèvement des organismes au niveau de 9 stations. A chaque station, les paramètres physico-chimiques dont le pH, la transparence, la profondeur, la température et la conductivité de l’eau ont été mesurés in situ. Les investigations ont permis d’inventorier 32 taxons de macroinvertébrés benthiques répartis essentiellement dans 78,13 % d’insectes, 13 % de gastéropodes et 6 % de crustacés. Le profil de distribution a été établi au moyen de la méthode des réseaux de neurones artificiels non supervisés, le « Self Organizing Maps (SOM) » et a permis d’obtenir trois principaux assemblages de macroinvertébrés influencés essentiellement par la transparence et la température de l’eau du delta du fleuve Ouémé.